Andoni estudió cocina casi por casualidad, mal estudiante así que a los 14 años su madre le obligó a matricularse en la Escuela Superior de Cocina de San Sebastián.Los dos primeros años los pasó sin pena ni gloria pero a los 16 años se juntó con los raros de la clase, unos chavales que tenían pasión por la gastronomía, y le entró hambre de saber. Empezó a leer, a documentarse y a luchar para estar con los mejores. Durante los fines de semana y vacaciones trabajó muy duro en una pizzería y en un bar con aspiraciones de pub donde daban comidas.
Después de finalizar sus estudios pasó por las cocinas de Ramón Roteta, Neichel, Arzak, Zuberoa y Akelarre. Llegó a El Bulli cuando pocos conocían a Ferran y junto con Bixente, estrenó el taller de I+D. Allí aprendió que los valores siempre son más importantes que el dinero.
Dos años después volvió a casa para ser jefe de cocina en Martín Berasategui. El primer mes hizo 25 platos. Tal era la necesidad que tenía de expresarse en su propio lenguaje que 12 meses después, a los 26 años, decidió abrir un restaurante.
En 1998 empezó su trabajo en solitario en Mugaritz, restaurante que dirige desde entonces y que ha sido galardonado con diferentes premios y reconocimientos.
Ha ido desarrollando una cocina fresca, técnica e imaginativa a la que incorpora, entre otras cosas, una gran cantidad de flores y plantas silvestres fruto de su pasión por la botánica, a la que se suma su interés por la literatura y las artes plásticas.
En febrero de 2009 la guía "Carnet de Route Omnivore 2009" otorga el título de "Creación del año 2009" alplato "Flores, flores, flores" de Mugaritz. En abril de 2009 Mugaritz por segundo año consecutivo, consigue el cuarto puesto en la lista de los 50 mejores restaurantes del mundo publicada por la revista londinense Restaurant Magazine, reconocimiento concedido por un grupo de 806 profesionales internacionales, gourmets, críticos gastronómicos, etc.
En la lista S. Pellegrino 2011 de los 50 Mejores Restaurantes del Mundo 201, Mugaritz se encuentra en el tercer puesto.
